第二章 構造改革特別区域基本方針
　第三条
内閣総理大臣は、構造改革特別区域において特定事業を実施し又はその実施を促進することによる経済社会の構造改革の推進及び地域の活性化（以下単に「構造改革の推進等」という。）に関する基本的な方針（以下「構造改革特別区域基本方針」という。）の案を作成し、閣議の決定を求めなければならない。
２ 構造改革特別区域基本方針には、次に掲げる事項を定めるものとする。
一 構造改革の推進等の意義及び目標に関する事項
二 構造改革の推進等のために政府が実施すべき施策に関する基本的な方針
三 次条第一項に規定する構造改革特別区域計画の認定に関する基本的な事項
四 構造改革の推進等に関し政府が講ずべき措置についての計画
五 前各号に掲げるもののほか、構造改革の推進等のために必要な事項その他経済社会の構造改革の推進及び地域の活性化に関する事項
３ 内閣総理大臣は、政令で定めるところにより、定期的に、新たな規制の特例措置の整備その他の構造改革の推進等に関し政府が講ずべき新たな措置に係る提案を募集するものとする。
４ 内閣総理大臣は、前項の提案について検討を加え新たな措置を講ずる必要があると認めるとき、又は情勢の推移により必要が生じたときは、構造改革特別区域基本方針の変更の案を作成し、閣議の決定を求めなければならない。
５ 内閣総理大臣は、第一項又は前項の規定による閣議の決定があったときは、遅滞なく、構造改革特別区域基本方針を公表しなければならない。

第三章 構造改革特別区域計画の認定等
（構造改革特別区域計画の認定）
　第四条
　地方公共団体は、単独で又は共同して、構造改革特別区域基本方針に即して、当該地方公共団体の区域について、内閣府令で定めるところにより、構造改革特別区域として、教育、物流、研究開発、農業、社会福祉その他の分野における当該区域の活性化を図るための計画（以下「構造改革特別区域計画」という。）を作成し、内閣総理大臣の認定を申請することができる。
２ 構造改革特別区域計画には、次に掲げる事項を定めるものとする。
一 構造改革特別区域の範囲
二 構造改革特別区域において実施し又はその実施を促進しようとする特定事業の内容、実施主体及び開始の日
三 構造改革特別区域において実施し又はその実施を促進しようとする特定事業ごとの規制の特例措置の内容
３ 前項各号に掲げるもののほか、構造改革特別区域計画を定める場合には、次に掲げる事項を定めるよう努めるものとする。
一 構造改革特別区域の名称及び特性二 構造改革特別区域計画の意義及び目標三 構造改革特別区域計画の実施が構造改革特別区域に及ぼす経済的社会的効果
４ 地方公共団体は、構造改革特別区域計画の案を作成しようとするときは、第二項第二号に掲げる実施主体（以下「実施主体」という。）の意見を聴くとともに、都道府県にあっては関係市町村の意見を聴かなければならない。
５ 特定事業を実施しようとする者は、当該特定事業を実施しようとする地域をその区域に含む地方公共団体に対し、当該特定事業をその内容とする構造改革特別区域計画の案の作成についての提案をすることができる。
６ 前項の地方公共団体は、同項の提案を踏まえた構造改革特別区域計画の案を作成する必要がないと判断したときは、その旨及びその理由を、当該提案をした者に通知しなければならない。
７ 第一項の規定による認定の申請には、第四項の規定により聴いた実施主体及び関係市町村の意見の概要（第五項の提案を踏まえた構造改革特別区域計画についての認定の申請をする場合にあっては、当該意見及び当該提案の概要）を添付しなければならない。
８ 地方公共団体は、第一項の規定による認定の申請に当たっては、構造改革特別区域において実施し又はその実施を促進しようとする特定事業及びこれに関連する事業に関する規制について規定する法律及び法律に基づく命令（告示を含む。）の規定の解釈について、関係行政機関の長（当該行政機関が合議制の機関である場合にあっては、当該行政機関。以下同じ。）に対し、その確認を求めることができる。この場合において、当該確認を求められた関係行政機関の長は、当該地方公共団体に対し、速やかに回答しなければならない。
９ 内閣総理大臣は、第一項の規定による認定の申請があった場合において、構造改革特別区域計画のうち第二項各号に掲げる事項に係る部分が次に掲げる基準に適合すると認めるときは、その認定をするものとする。
一 構造改革特別区域基本方針に適合するものであること。
二 当該構造改革特別区域計画の実施が当該構造改革特別区域に対し適切な経済的社会的効果を及ぼすものであること。
三 円滑かつ確実に実施されると見込まれるものであること。
１０ 内閣総理大臣は、前項の規定による認定（次項、第十二項及び次条において「認定」という。）をしようとするときは、第二項第三号に掲げる事項について関係行政機関の長の同意を得なければならない。この場合において、当該関係行政機関の長は、当該事項が、法律により規定された規制に係るものにあっては第四章で、政令又は主務省令により規定された規制に係るものにあっては構造改革特別区域基本方針に即して政令又は主務省令で、それぞれ定めるところに適合すると認められるときは、同意をするものとする。
１１ 認定を受けた構造改革特別区域計画（以下「認定構造改革特別区域計画」という。）に基づき実施主体が実施する特定事業については、法律により規定された規制に係るものにあっては第四章で、政令又は主務省令により規定された規制に係るものにあっては政令又は主務省令で、それぞれ定めるところにより、規制の特例措置を適用する。
１２ 内閣総理大臣は、認定をしたときは、遅滞なく、その旨を公示しなければならない。