（定義）
第二条
この法律において「自然再生」とは、過去に損なわれた生態系その他の自然環境を取り戻すことを目的として、関係行政機関、関係地方公共団体、地域住民、特定非営利活動法人（特定非営利活動促進法 （平成十年法律第七号）第二条第二項 に規定する特定非営利活動法人をいう。以下同じ。）、自然環境に関し専門的知識を有する者等の地域の多様な主体が参加して、河川、湿原、干潟、藻場、里山、里地、森林その他の自然環境を保全し、再生し、若しくは創出し、又はその状態を維持管理することをいう。
２ 　この法律において「自然再生事業」とは、自然再生を目的として実施される事業をいう。
３ 　この法律において「土地の所有者等」とは、土地若しくは木竹の所有者又は土地若しくは木竹の使用及び収益を目的とする権利、漁業権若しくは入漁権（臨時設備その他一時使用のため設定されたことが明らかなものを除く。）を有する者をいう。

（基本理念）
第三条
自然再生は、健全で恵み豊かな自然が将来の世代にわたって維持されるとともに、生物の多様性の確保を通じて自然と共生する社会の実現を図り、あわせて地球環境の保全に寄与することを旨として適切に行われなければならない。
２ 　自然再生は、関係行政機関、関係地方公共団体、地域住民、特定非営利活動法人、自然環境に関し専門的知識を有する者等の地域の多様な主体が連携するとともに、透明性を確保しつつ、自主的かつ積極的に取り組んで実施されなければならない。
３ 　自然再生は、地域における自然環境の特性、自然の復元力及び生態系の微妙な均衡を踏まえて、かつ、科学的知見に基づいて実施されなければならない。
４ 　自然再生事業は、自然再生事業の着手後においても自然再生の状況を監視し、その監視の結果に科学的な評価を加え、これを当該自然再生事業に反映させる方法により実施されなければならない。
５ 　自然再生事業の実施に当たっては、自然環境の保全に関する学習（以下「自然環境学習」という。）の重要性にかんがみ、自然環境学習の場として活用が図られるよう配慮されなければならない。

（自然再生協議会）
第八条
実施者は、次項に規定する事務を行うため、当該実施者のほか、地域住民、特定非営利活動法人、自然環境に関し専門的知識を有する者、土地の所有者等その他の当該実施者が実施しようとする自然再生事業又はこれに関連する自然再生に関する活動に参加しようとする者並びに関係地方公共団体及び関係行政機関からなる自然再生協議会（以下「協議会」という。）を組織するものとする。
２ 　協議会は、次の事務を行うものとする。
一 　自然再生全体構想を作成すること。
二 　次条第一項に規定する自然再生事業実施計画の案について協議すること。
三 　自然再生事業の実施に係る連絡調整を行うこと。
３ 　前項第一号の自然再生全体構想（以下「自然再生全体構想」という。）は、自然再生基本方針に即して、次の事項を定めるものとする。
一 　自然再生の対象となる区域
二 　自然再生の目標
三 　協議会に参加する者の名称又は氏名及びその役割分担
四 　その他自然再生の推進に必要な事項
４ 　協議会の組織及び運営に関して必要な事項は、協議会が定める。
５ 　協議会の構成員は、相協力して、自然再生の推進に努めなければならない。

（維持管理に関する協定）
第十条
自然再生事業の対象区域の全部又は一部について自然再生に係る維持管理を実施しようとする実施者は、当該区域の土地の所有者等と協定を締結して、その維持管理を行うことができる。