（協定の締結）
　第十三条
　大臣管理量又は大臣管理努力量に係る採捕を行う者は、当該大臣管理量又は大臣管理努力量に係る特定海洋生物資源の保存及び管理に関する協定を締結し、当該協定が適当である旨の農林水産大臣の認定を受けることができる。
２ 　知事管理量又は知事管理努力量に係る採捕を行う者は、当該知事管理量又は知事管理努力量に係る特定海洋生物資源又は指定海洋生物資源の保存及び管理に関する協定を締結し、当該協定が適当である旨の都道府県の知事の認定を受けることができる。
３ 　前二項の協定（以下単に「協定」という。）においては、次に掲げる事項を定めるものとする。
一 　協定の対象となる海域並びに特定海洋生物資源又は指定海洋生物資源及びその採捕の種類
二 　特定海洋生物資源又は指定海洋生物資源の保存及び管理の方法
三 　協定の有効期間
四 　協定に違反した場合の措置
五 　その他農林水産省令で定める事項

　（協定の認定等）
　第十四条
　農林水産大臣又は都道府県の知事は、前条第一項又は第二項の認定の申請が次の各号のすべてに該当するときは、これらの規定による認定をするものとする。
一 　協定の内容が大臣管理量、大臣管理努力量、知事管理量又は知事管理努力量の管理に資すると認められるものであること。
二 　協定の内容が不当に差別的でないこと。
三 　協定の内容がこの法律及びこの法律に基づく命令その他関係法令に違反するものでないこと。
四 　その他農林水産省令で定める基準
２ 　前項に規定するもののほか、協定の認定（協定の変更の認定を含む。）及びその取消し並びに協定の廃止に関し必要な事項は、政令で定める。

（協定への参加のあっせん）
　第十五条
　第十三条第一項又は第二項の認定を受けた協定（以下「認定協定」という。）に参加している者は、認定協定の対象となる海域において認定協定の対象となる種類の特定海洋生物資源又は指定海洋生物資源について認定協定の対象となる種類の採捕を行う者であって認定協定に参加していないものに対し認定協定を示して参加を求めた場合においてその参加を承諾しない者があるときは、農林水産省令で定めるところにより、同条第一項又は第二項の認定をした農林水産大臣又は都道府県の知事に対し、その者の承諾を得るために必要なあっせんをすべきことを求めることができる。
２ 　農林水産大臣又は都道府県の知事は、前項の規定による申請があった場合において、認定協定に参加していない者の認定協定への参加が前条第一項の規定に照らして相当であり、かつ、認定協定の内容からみてその者に対し参加を求めることが特に必要であると認めるときは、あっせんをするものとする。

　（漁業法 等による措置）
　第十六条
　認定協定に参加している者は、その数が認定協定の対象となる海域において認定協定の対象となる特定海洋生物資源又は指定海洋生物資源について認定協定の対象となる種類の採捕を行う者のすべての数の三分の二以上であって農林水産省令で定める割合を超えていることその他の農林水産省令で定める基準に該当するときは、農林水産省令で定めるところにより、農林水産大臣又は都道府県の知事に対し、認定協定の目的を達成するために必要な措置を講ずべきことを求めることができる。
２ 　農林水産大臣又は都道府県の知事は、前項の規定による申出があった場合において、漁業調整、水産資源の保護培養その他公益のために必要があると認めるときは、その申出の内容を勘案して、漁業法第三十四条第一項 （同法第六十三条第一項 において読み替えて準用する場合を含む。）、第三項若しくは第四項、第六十五条第一項若しくは第二項若しくは第六十六条第一項又は水産資源保護法第四条第一項 若しくは第二項 の規定による水産動植物の採捕の制限等の措置その他の適切な措置を講ずるものとする。
３ 　都道府県の知事は、第一項に規定する申出に基づき漁業法第三十四条第四項 の規定を適用しようとするときは、同項 に規定する海区漁業調整委員会の申請によらず、漁業権に制限又は条件を付けることができる。この場合においては、同条第二項 及び同法第三十七条第四項 の規定を準用する。
４ 　前項の規定は、第一項に規定する申出に基づき農林水産大臣が漁業法第百三十六条 の規定により同法第三十四条第四項 の規定を適用しようとする場合について準用する。